特定口座（源泉徴収選択口座・配当受入有）では、特定口座内の配当と株式の損益が通算されて源泉所得税が徴収又は還付されて１特定口座内の計算は完結します。それでも株式の譲渡損失が残った場合には、他の特定口座の配当所得又は株式の譲渡所得と通算して申告することで源泉所得税の還付を受けることができます。なお、譲渡損失を申告する場合、同一特定口座内で損益通算をしていた配当は申告することが必要です。
他の特定口座と通算した結果、配当所得や株式の譲渡所得として申告し、年末調整で適用した配偶者控除が本人の合計所得金額1000万円を超えることで意図せず適用除外になっていたり、配偶者や扶養親族の合計所得金額が48万円を超えることで配偶者控除、扶養控除、障害者控除（同一生計配偶者・扶養親族）の対象外になるケースがあります。また、配当所得や株式譲渡所得で国民健康保険料が増加するケースもあるので、単純に損失があれば申告分離課税で通算して還付した方が良いとは言えません。
多数口座がある場合には譲渡所得金額が最小になるように特定口座ごとに申告分離課税、確定申告不要制度の適用を選択して申告します。